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益生菌療法的使用在人類歷史中已超過數千年。最早的益生菌療法記載於舊約聖經、可蘭經及佛教經典中。益生菌的安全性以及對於人類健康的增進已無庸置疑。然而功能性益生菌療法則是進一步針對不同的疾病，篩選出最具保健功能的菌種。科學文獻中有許多功能性益生菌的報告，像是Lactobacillus paracasei、Bifidous longum、LGG能調節過敏性免疫反應；Lactobacillus acidophilus、Lactobacillus casei, Lactobacillus lactic可助於改變胰島素抗性；Lactobacillus reuteri可抑制胃幽門桿菌；Lactobacillus rhamnosus抑制白色念珠菌等，都是功能性益生菌的例子。
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